La Autoridad Portuaria de Algeciras (APBA) proyecta dragar el Bajo del Mar de Isidro para reforzar la seguridad marítima en la Bahía. La institución portuaria trabaja desde 2016 en el proyecto de aumento de calado del bajo próximo a la bocana sur de la dársena de Isla Verde Exterior ante el peligro que supone para la navegación marítima.
Aunque el Bajo del Mar de Isidro está situado tanto fuera de la ZEC (Zona de Especial Conservación) como del Parque Natural del Estrecho, la Autoridad Portuaria contempla el aumento de calado de las crestas del bajo hasta la cota -18,5 metros utilizando equipos de excavación mecánica para garantizar la selección de las estructuras geológicas a eliminar. En concreto proyecta utilizar draga dipper, precisa y selectiva.
Con esta solución, más gravosa y con un coste que se aproxima a los 2 millones de euros frente a otras técnicas más baratas como las voladuras, la APBA pretende reforzar la seguridad del tráfico marítimo y evitar "un dragado indiscriminado".
La iniciativa, que permitiría aumentar la seguridad marítima de la Bahía de Algeciras, se encuentra en estudio en el Ministerio para la Transición Ecológica y el Reto Demográfico.
La asociación conservacionista Agaden-Ecologistas en Acción ha anunciado que va a denunciar a la APBA ante el Ministerio de Transición Ecológica y ante la Comisión Europea, por considerar que tiene la intención de “volar” los arrecifes conocidos como Mar de Isidro, y protegidos como Hábitat de Interés Comunitario. El Puerto niega que vaya a realizar voladuras y asegura que se hará con métodos mecánicos.