Verdemar Ecologistas en Acción ha denunciado que la Autoridad Portuaria de la Bahía de Algeciras "lleva años incumpliendo la agenda 2030 para el Desarrollo Sostenible de los puertos". Su principal crítica es a la política de rellenos en la Bahía de Algeciras.
El grupo ecologista ha denunciado estos hechos ante los organismos internacionales para pedir que se investigue lo que entiende es un incumplimiento por parte de la APBA "de los objetivos con un horizonte medioambiental sostenible". Critica la gestión portuaria en cuanto a la optimización del agua, el consumo de energía, la movilidad, la reducción de emisiones contaminantes a la atmósfera, la gestión de residuos portuarios, los vertidos y los fondeos de buques en fondos de interés subacuático.
Verdemar denuncia que la autoridad portuaria "sigue regalando fondeaderos fuera de las aguas a buques de Gibraltar en las costas de La Línea de la Concepción; esto hace que los buques tengan que ocupar continuamente zonas junto al fondeo de grado A del Parque Natural del Estrecho".
Los ecologistas han interpuesto denuncias ante Virginijus Sinkevicius, comisario de Medio Ambiente Océanos y Pesca, y ante la Red Natura Europea por el incumplimientos de los apartados 2 y 3 del artículo 6 que aspiran a evitar cualquier efecto negativo apreciable sobre lugares Natura 2000.